鯉は元々ユーラシア大陸が自然分布域であったが、移植によって世界の温帯・亜熱帯域に広く分布するようになりました。日本でも全国的に分布しています。日本のコイは大昔に中国から移入されたと考えられ、縄文時代の貝塚からも化石が発見されています。しかし、古い地層から化石も発見されており、日本にも元々、自然分布していた可能性があります。欧米でも養殖が盛んであり、食用の飼育品種も生み出されています。

かつてから、漁師や釣り人などから、養殖され、放流もよく行われている体高の高いコイと、琵琶湖などの湖や四万十川のような大きな河川に見られる体高が低いコイの性質が、著しく異なることが指摘されていました。後者は「ノゴイ」と呼ばれ、前者の系統で野生繁殖しているものと区別されており、この相違に注目する研究者もいました。21世紀に入って、コイヘルペスウイルスによる感染症の流行で捕獲しにくいノゴイの死体が多数得られたことから、これを用いて遺伝子解析した研究が2006年に報告されました。その結果、外来の体高の高いコイとノゴイは種レベルに相当する遺伝子の差があることが報告され、日本列島在来の別種として新種記載の必要性も指摘されています。
 
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